Der Kapitelsaal beherbergt Kunstwerke, die durch Spenden oder aus der verschwundene Pfarrei San Pedro (Petruskirche, heute Ruine) stammten. Hier befindet sich eine der größten Sammlungen kirchlicher Gewänder von Navarra: Messgewänder und Mäntel und Pulttücher, angefertigt zwischen dem 16. und 18. Jahrhundert. Nebenan, in der Aguamanil Saal, befinden sich nicht nur Kelche und Monstranzen sondern auch Elfenbeine, die eine großartige Sammlung der religiösen Kunst darstellen. Eine der wichtigsten Objekte ist ein aus Ebenholz gemachte Medaillon, das laut einem Brief von 1547 der heiligen Teresa de Jesús (Theresia von Avila) gehörte. Man kann die Kirche Santa Maria nicht verlassen ohne die Kapelle von San Juan del Ramo besucht zu haben. Dort findet man eine gotische Skulptur des Heiligen, gestaltet um 1440 vom andalusischen Künstler Janin de Lome. Diese Kapelle ist durch die malerische Gestaltung ihrer Kuppel sehr berühmt, stammend aus dem Pinsel von dem in Madrid geborenen Paret y Alcázar. Er ist einer der wichtigsten maler des 18. Jahrhunderts in Spanien. Diese seit 1787 entstandene Werk zeigt Lebensszenen von Heiligen. Die Hängezwickel sind mit den Bildern der theologischen Tugenden geschmückt: Keuschheit, Heiligkeit, Standhaftigkeit und Weisheit.
